鲸鱼的祖先是中爪兽。鲸鱼的祖先原来是陆生动物,后来逐渐进化成两栖动物,再后来变成完全的水生动物,这个进化过程大约在5000万年前就已经开始,其中进化出了许多分支物种。
鲸鱼不是鱼,而是哺乳动物,现代蓝鲸体长最长可达33米,是最大的哺乳动物,同时也是地球上生存过最大的动物。
由于鲸鱼祖先中爪兽是有蹄类动物,所以即使外形差距很大,现代生物里与鲸鱼亲缘关系最近的是河马。
根据已发现的化石来看,最早出现的鲸类是原鲸科,这是一个过渡物种,已经进化出呼吸孔,但仍有后肢,外形怪异。